Multipla skleroza pojavljuje se u više kliničkih oblika:
Najčešći klinički oblik MS-a jest relapsno-remitirajući oblik bolesti (R-R-oblik). Ovaj se oblik bolesti javlja u oko 80% bolesnika. Osnovna karakteristika ovog oblika MS-a je pojava tipičnih kliničkih simptoma multiple skleroze, koji se nakon određenog trajanja povlače - bilo spontano bilo primjenom lijekova. Pojava simptoma bolesti označava se kao šub ili kao relaps bolesti. Simptomi se mogu potpuno povući, a funkcija koja je bila oštećena može se potpuno ili djelomično oporaviti. Nastaje remisija. Nakon određenog vremena, koje se najčešće kreće u rasponu od dva mjeseca do dvije godine, javljaju se novi klinički simptomi ili ispadi (šubovi ili relapsi), koji se također mogu potpuno ili nepotpuno povući, bilo spontano bilo liječenjem. Zbog takvog tijeka, ovaj najčešći oblik multiple skleroze naziva se relapsno-remitirajući oblik (RRMS).
Nakon nekog perioda takvog ponavljanja šubova ili relapsa i njihove remisije, koja je individualno različita u učestalosti, trajanju i povlačenju simptoma, postupno bolest u većine, osobito neliječenih, bolesnika prelazi u drugi oblik, koji se naziva sekundarno progresivni oblik bolest (SPMS). Nastaje postupna, polagana progresija bolesti karakterizirana pogoršanjem neuroloških ispada, no bez iznenadnih pogoršanja kao što su ranije opisivani relapsi. Najčešće se očituje pojavom otežanog hoda i/ili sve težeg poremećaja ravnoteže. U sekundarno progresivnom stadiju bolesti u središnjem se živčanom sustavu razvija neurodegenerativni proces. To znači da postupno nastaje oštećenje sve većeg broja živčanih vlakana i živčanih stanica, što dovodi do sve izrazitije onesposobljenosti bolesnika
Zbog navedenog multipla se skleroza danas smatra bifazičnom bolesti. Prva faza je karakterizirana upalom i ona može biti u početku potpuno reverzibilna, no kasnije bolest prelazi u drugu, neurodegenerativnu fazu, koja je karakterizirana propadanjem živčanih vlakana.
Pokazalo se da bolesnici s većim brojem i težim relapsima u prve dvije godine brže razvijaju sekundarno progresivni oblik bolesti. U bolesnika s osrednjom učestalosti relapsa oko 50% razvija težu pokretnost nakon 12-15 godina. Manji dio bolesnika kontinuirano ostaje u relapsno-remitirajućoj fazi bolesti. Relapsi se rijetko javljaju, blagi su i povlače se u potpunosti. Tada govorimo o dobroćudnoj ili benignoj multiploj sklerozi. Dijagnoza benigne MS može se postaviti tek ako 15-20 godina nakon prvih simptoma bolesti nema nikakvog trajnog neurološkog ispada. Benignu multiplu sklerozu ima samo oko 10% oboljelih osoba.
Oko 10% bolesnika razvija primarno progresivni oblik multiple skleroze (PPMS). Ovaj oblik bolesti karakterizira postupna progresija neuroloških simptoma od početka bolesti. U određenom periodu može nastupiti mirovanje, pa čak i manji oporavak, ali nikada potpuna remisija, a potom bolest ponovno izaziva progresivna pogoršanja naročito motoričke snage donjih udova s posljedicom sve težeg hodanja. U stvari, taj je oblik MS-a sličan sekundarno progresivnom obliku bolesti, ali mu ne prethode relapsi.