Danas najčešću indikaciju za amniocentezu predstavlja dob majke. Svaka žena koja ima preko 35 godina ima pravo tražiti amniocentezu. Preporuke opstetričkih udruga diljem svijeta danas su različite te indikaciju nalaze u dobi od 35 do 36 godina u trenutku zanošenja. Razlog u dobnoj indikaciji leži u starosti jajnih stanica koje su stare koliko i žena. Naime, iza 35. godine je (zbog starosti jajne stanice) daleko veći rizik da tijekom ranih dioba dođe do pogreške u raspodjeli kromosoma i posljedične kromosomopatije.
Ostale indikacije za amniocentezu su pojava kromosomopatija u obitelji (oca ili majke), pojava kromosomopatija u dosadašnjeg potomstva, roditelji kao nosioci tzv. balansiranih kromosomopatija, patološki nalazi testova probira u ranoj trudnoći (rani test probira, dvostruki test, trostruki test), ultrazvučni znakovi kromosomopatija u ranoj trudnoći, kao i neke kongenitalne anomalije prepoznate ultrazvukom u ranoj trudnoći.
Osim amniocenteze, u istu svrhu, može se napraviti punkcija korionskih resica (eng. CVS - chorionic villous sampling). Prednost ovog zahvata je da se radi ranije u trudnoći, već oko 12 tjedana, te da su rezultati dostupni i ranije. Nedostatak, i razlog zašto se u većini naših institucija ne preferira, jest u tome što je postotak gubitka trudnoća nešto veći nego nakon rane amniocenteze.
Potpuna novost u genetskoj analizi fetusa predstavlja analiza fetalne DNA iz periferne majčine krvi. Iako se još ne radi u državnim institucijama, velik broj privatnih ginekologa već je ima u svojoj ponudi. Prednosti su višestruke; zahvat je potpuno neinvazivan i opasnosti od gubitka trudnoće nema, a sama pretraga se može napraviti već s navršenih 10 tjedana trudnoće uz rezultate dostupne za nekoliko dana. Najveći i zapravo jedini nedostatak još uvijek predstavlja cijena koja se u ovom trenutku kreće nešto više od pet tisuća kuna.
Amniocenteza je svoju glavnu ulogu pronašla u prenatalnoj dijagnostici Downovog sindroma. Downov sindrom je poremećaj uzrokovan prekobrojnim 21. kromosomom. Zahvaćena osoba spomenuti 21. kromosom ima u tri kopije, a ne u dvije kopije kao što je to u normalnim slučajevima. Učestalost mu je 1 na 700 porođaja. Zahvaćene osobe imaju blagu do tešku mentalnu retardaciju, a stupanj životne samostalnosti uvelike varira i ovisi o težini kliničke slike. Većina osoba zahtjeva pomoć bližnjih ili odgovarajućih institucija do kraja života.
Oboljeli od Downovog sindroma imaju karakterističan izgled lica. Vrlo često se rađaju s različitim anomalijama, najčešće srca i probavnog sustava, koje uglavnom zahtijevaju kiruršku korekciju. Prosječna životna dob osoba s Downovim sindromom iznosi 50 do 60 godina. Potrebno je naglasiti kako žena bilo koje životne dobi može roditi dijete s Downovim sindromom, premda je rizik daleko veći kod starijih žena.
Postoje i druge kromosomopatije, što su u principu genetski poremećaji kod kojih broj kromosoma nije ispravan, već je on veći ili manji od broja 46. Osim Downovog sindroma najčešće kromosomopatije su Turnerov sindrom u kojem nedostaje jedan spolni kromosom (X0), Edwardsov sindrom s prekobrojnim kromosomom 18, Patauov sindrom s prekobrojnim kromosomom 13 te Klinefelterov sindrom s prekobrojnim kromosomom Y.
Razlog zašto se amniocenteza ne preporučuje svakoj trudnici, iako je ona jedina metoda kojom se s potpunom sigurnošću može isključiti fetalna kromosomopatija, jest njezin rizik. Danas se smatra da je rizik od gubitka trudnoće nakon zahvata oko 1/200 (0,5%), odnosno gubi se 1 trudnoća na 200 učinjenih punkcija. Zbog navedenog, za amniocentezu mora postojati jedna od prije navedenih indikacija.
Postoje i određene komplikacije do kojih može dovesti amniocenteza: