Simptomi sindroma policističnih jajnika najizraženiji su u žena s prekomjernom tjelesnom težinom pa je za ublažavanje tog negativnog utjecaja promjena životnih navika prvi, a nekad i najzahtjevniji dio liječenja. Dokazano je da već gubitak od 5 do 10% tjelesne težine može potaknuti pojavu ovulacijskih ciklusa, čak i kada osoba i dalje ostaje prekomjerno teška. Istraživanja pokazuju također da na poboljšanje simptoma djeluje i samo redovita tjelovježba neovisno o gubitku težine, a nezanemariv je utjecaj tjelovježbe i na pozitivnu sliku o svom tijelu. Iz tih podataka proistječu smjernice prema kojima naglasak ne treba biti isključivo na gubitku težine, pogotovo ne značajnijem. Za dugoročan boljitak potrebno je usredotočiti se na što cjelovitije provođenje zdravijih životnih navika: zdrave prehrane i redovite tjelovježbe. To načelo je jednako primjenjivo u žena sa sindromom policističnih jajnika i neuvećanom tjelesnom težinom, s razlikom da je kod njih istaknuta važnost sprečavanja nezdravog dobitka težine koji bi mogao pogoršati ili potaknuti pojavu novih simptoma.
Motivaciju za promjenu životnih navika treba graditi na jasnim spoznajama o njihovoj zdravstvenoj koristi, a nikako na promjeni tjelesnog izgleda. Veliku zamku kriju nezdrave, brze dijete koje mogu biti i prvi korak prema razvoju poremećaja hranjenja, posebice u mladih osoba. One su vrlo često neučinkovite pa jačaju osjećaj razočaranja, a budući da obrazac hranjenja postaje neuredan, mogu potaknuti i još veći dobitak na težini. Cilj nije brzi već dugoročni zdravi gubitak težine što podrazumijeva tjedno manje od pola do jednog kilograma. Pažljivom analizom svakodnevnih navika treba se naći što se može popraviti, a taj proces svakako je lakši kada postoji stručna potpora. Uspjeh je još izgledniji kada se istim naporima za promjenom životnih navika pridruže i drugi članovi obitelji. Nema pravih dokaza da su dijete koje se temelje na nekom posebnom načelu (primjerice s manje masti, s manje ugljikohidrata, niskog glikemičnog indeksa ili slično) učinkovitije od drugih. Temelj svake dijete za mršavljenje je smanjenje kalorijskog unosa od barem 500 kcal dnevno. Osnovne kalorijske vrijednosti pojedinih obroka treba naučiti jer se tek tako može procijeniti stvarni unos koji su mnogi skloni podcjenjivati. U tome značajno može pomoći i vođenje dnevnika prehrane. On je ključan u osvješćivanju količine unesene hrane, ali i bilježenju neprikladnih navika poput često kaloričnih grickanja među obrocima odnosno pred televizijom. Uz smanjeni kalorijski unos neka jednostavna pravila zdrave prehrane uvijek su primjenjiva: jesti samo iz tanjura i to manjeg, jesti sporije, piti puno vode. Glavna je preporuka jesti raznovrsno i uravnoteženo, primjerice što više voća i povrća ne samo zbog njihove bogate prehrambene vrijednosti već i zbog vlakana koja će uz malo kalorija stvoriti osjećaj sitosti. Također treba jesti proizvode od žitarica cjelovitog zrna, što češće ribu te birati nemasno meso i nemasne mliječne proizvode. Uspjeh svake dijete bit će izgledniji kada je prilagođena pojedinoj osobi, onome što inače voli i može dugoročno provoditi.
Mogućnosti uključivanja tjelovježbe u svakodnevni život su raznolike: od hvatanja svake prigode za više pa barem i usputne tjelesne aktivnosti poput bržeg pješačenja ili penjanja stepenicama pa sve do nadziranog vježbanja pod stručnim vodstvom. Općenita preporuka za vježbanje je 30 minuta barem 5 dana u tjednu, a osobe koje imaju cilj smršaviti trebale bi vježbati čak i dva-tri puta više. Važno je da se sve računa, posebice svako razdoblje tjelovježbe duže od 10 minuta. Brojne sprave za vježbanje, bicikli, pedometri danas računaju koliko je kalorija sagorjelo tijekom vježbanja pa tjelovježbu često gledamo samo kroz perspektivu dodatne potrošnje kalorija. Iako to svakako ima utjecaja na energetsku jednadžbu, to nisu jedini, a možda ni najvažniji učinci tjelovježbe. Nerijetki su primjeri u kojima se količina kalorija potrošena u pola sata vježbanja začas nadoknadi slasticom. Tjelovježba međutim, neovisno od učinka na energetsku ravnotežu, potiče mehanizme koji pozitivno utječu na metaboličku ravnotežu organizma. Neizravno također može doprinijeti smanjenom uzimanju hrane kroz poticanje pozitivnog raspoloženja, smanjenje stresa i poremećaja spavanja.
Promjena životnih navika prihvaćena je kao prvi korak u liječenju, međutim znamo da je uzrok sindroma policističnih jajnika puno složeniji pa ne možemo očekivati ni da će se riješiti samo receptom „manje jesti, više se kretati". Ciljano liječenje u pravilu se provodi prema vodećim simptomima sindroma policističnih jajnika.
Izostanak menstruacija nije samo neugodno odstupanje od normalnog, već je važno da se može povećati rizik za razvoj malignih promjena ako maternica nije izložena redovitom mjesečnom ljuštenju. Kako bi se to spriječilo i uspostavili ciklusi, mogu se koristiti lijekovi gestageni u određenim vremenskim razmacima, a u žena koje ne žele zanijeti, primjenjuju se kontracepcijske tablete.
Ako su hirzutizam ili akne značajno izraženi, uz kontracepcijske tablete koriste se i antiandrogeni lijekovi. Najčešće je antiandrogen pridodan u istoj kontracepcijskoj tableti poput ciproteron-acetata. Učinkovitost je pokazana i za lijekove poput finasterida, spironolaktona i flutamida. U liječenju akni i hirzutizma značajnu ulogu imaju kozmetski i dermatološki postupci. Krema s eflornitinom usporava rast dlačica na licu, a rezultati se mogu postići i elektrolizom odnosno laserskim uklanjanjem dlačica, ali ih je obično potrebno ponavljati.
Najteži pritisak s kojim su suočene neke žene sa sindromom policističnih jajnika je kako zatrudniti, a zatim i održati trudnoću. Njihovo liječenje je različito. Danas je široko prihvaćeno da se u poticanju ovulacije prvo primjenjuje metformin, lijek koji se tradicionalno koristi u liječenju šećerne bolesti. On potiče inzulinsku osjetljivost, smanjuje razine androgena i čimbenika krvožilnog rizika, pomaže gubitku težine te može potaknuti pojavu ovulacije. Najčešće ga ipak treba primijeniti s drugim lijekovima za poticanje ovulacije kao što su klomifen i gonadotropni hormoni. Ako se ne pokažu uspješnim, u daljnjim koracima se po potrebi koriste i ostale metode potpomognute oplodnje. Velika većina žena sa sindromom policističnih jajnika uspije zanijeti ili spontano ili uz pomoć. Uvijek treba isključiti druge uzroke neplodnosti koji mogu biti pravi razlog eventualnog neuspjeha.