Komplikacije liječenja multiple skleroze su različite. Nuspojave betaferonske terapije su blage i karakterizirane su crvenilom, ponekad i otokom na mjestu uboda, povišenom temperaturom i simptomima sličnim gripi. Zbog toga je neophodno nakon uzimanja interferona, kojeg treba započeti uzimati u manjim dozama, primijeniti lijekovi za snižavanje tjelesne temperature, lijekovi protiv bolova, antireumatici (paracetamol ili ibuprofen). Mogu se javiti najčešće prolazni simptomi toksičnog djelovanja na jetru, koja se manifestira patološkim jetrenim testovima. Zbog navedenog je potrebno kontrolirati krvne pretrage, nešto češće u početku liječenja, mjesec dana nakon početka liječenja u prava tri mjeseca a potom rjeđe. Češće nuspojave koje se javljaju kod primjene glatiramer-acetata su manje reakcije na mjestu uboda poput crvenila, umor, tremor (drhtanje ruku) i povećanje limfnih čvorova. Obično su kratkotrajne.
Natalizumab može uzrokovati, iako u malog broja bolesnika, pojavu progresivne multifokalne leukoencefalopatije (PML-a). Radi se o opsežnoj upalnoj demijelinizaciji mozga koja nastaje aktivacijom inače bezazlenog papovavirusa koji se često nalazi u mozgu i ne izaziva nikakve posljedice u zdrave osobe ili u osobe koja nije liječena imunosupresivnom terapijom.
Zastarjelo je mišljenje da žene koje boluju od multiple skleroze ne bi smjele rađati. Danas je na temelju brojnih studija poznato upravo obrnuto, da trudnoća ima povoljan utjecaj na ženu oboljelu s MS-om. Broj relapsa se tijekom trudnoće reducira, osobito u drugom i trećem tromjesečju. To se tumači činjenicom da je trudnoća povezana s porastom cirkulirajućih proteina i drugih tvari koje prirodnim putem smanjuju imunološki odgovor. Uz to su i razine prirodnih kortikosteroida veće u trudne žene. Estrogeni koji su u trudnoći u porastu također povoljno djeluju u smanjenju relapsa. Žene s multiplom sklerozom ne trebaju posebnu ginekološku pozornost. Trudnoća i porod su jednaki kao u zdravih žena kao i primjena opće anestezije ili epiduralne anestezije.
Ponovno javljanje simptoma multiple skleroze može nastati u prvih tri do šest mjeseci poslije poroda, kada se svi zaštitni mehanizmi prirodno smanjuju. Rizik od novog relapsa nakon trudnoće iznosi 20-40%, no valja istaknuti da pojava relapsa u postporođajno doba ne utječe znatno na dugotrajniji neurološki ispad. Dosadašnje su studije također pokazale da ne postoji povećani rizik od progresije bolesti u žena koje doje dijete.
Žene koje zatrudne obavezno trebaju prekinuti imunomodulacijsko liječenje ili drugu vrstu liječenja (imunosupresivno liječenje), a ne primjenjuju se niti tijekom dojenja. Kortikosteroidna terapija može se koristiti u slučaju pojave relapsa u trudnoći, no tijekom dojenja treba biti oprezniji s primjenom kortikosteroida.