U akutnoj fazi bolesti primjenjuje se pulsna kortikosteroidna terapija. To podrazumijeva primjenu visoke koncentracije steroida metilprednizolona nekoliko dana, ovisno o dozi i povlačenju simptoma. Liječenje kortikosteroidima vrlo je učinkovito u upalnoj fazi bolesti i najčešće brzo dovodi do oporavka bolesnika. U slučaju da na uobičajenu dozu kortikosteroida ne dođe do regresije simptoma, ta se doza ponavlja. Pri tome svaki bolesnik mora dobivati lijekove za zaštitu želučane sluznice, lijek za mokrenje, preparate kalija, a primjenjuje se i zaštita kostiju davanjem kalcija i vitamina D.
U rijetkih bolesnika, najčešće s teškim i brojnim ispadima već u početku bolesti, kortikosteroidi nisu djelotvorni i tada je potrebno učiniti plazmaferezu (izmjenu krvne plazme). Nakon smirivanja akutne faze bolesti potrebno je provesti prevenciju daljnjeg razvoja upale. Ponekad je potrebno u upalnoj fazi bolesti kombinirati liječenje kortikosteroidima i blagim citostaticima.
U preventivnom liječenju multiple skleroze koristi se imunomodulacijsko liječenje. Ono ubraja interferon beta, glatiramer-acetat, mitoksantron i natalizumab.
Ova se grupa lijekova dijeli u prvu liniju, koja podrazumijeva interferon beta i glatiramer-acetat i drugu grupu lijekova, u koju se ubrajaju mitoksantron i novantron.
Primjenu lijekova prve linije terapije djelotvorno je samo u bolesnika u kojih EDSS nije veći od 4. Što je teži klinički status bolesnika u započinjanju liječenja, manja je dugoročna učinkovitost liječenja.
Interferoni beta se primjenjuju potkožno - supkutano ili davanjem u mišić - intramuskularno. Koriste se dva oblika interferona beta: interferon beta 1a i interferon beta 1b.
Interferoni beta djeluju tako da smanjuju aktivaciju T-limfocita, smanjuju njihov prolaz kroz endotel krvnih žila u SŽS, smanjuju lučenje upalnih tvari te tako utišavaju i usporavaju bolest.
Glatiramer-acetat je sintetski lijek koji se sastoji od tvari koje su sastavni dio mijelina čovjeka. Smatra se da lijek djeluje na imunološki sustav na način da smanjuje upalni proces na mjestu oštećenja mijelinske ovojnice. Lijek, poput interferona, smanjuje učestalost relapsa i broj oštećenja vidljivih magnetskom rezonancijom. Upotrebljava se u liječenju bolesnika s relapsno-remitirajućim oblikom bolesti. Primjenjuje se svakodnevnim potkožnim injekcijama i bolesnici su nakon edukacije sposobni sami davati lijek. Djelovanje GA-a temelji se na principu tzv. desenzibilizacije. Lijek se, naime, sastoji od bjelančevina koje odgovaraju sastavu mijelinske ovojnice te sprječava aktivaciju limfocita na mijelinsku ovojnicu. Također potiče stvaranje tzv. dobrih limfocita koji smiruju upalni proces. Novije studije pokazale su podjednaku učinkovitost interferona i GA-a na upalnu fazu bolesti.
Istraživanja su pokazala da je učinkovitost liječenja beta-interferonima i GA-om tim veća što se liječenje započne ranije. Učinkovitost liječenja u najranijoj fazi bolesti iznosi za imunomodulacijske lijekove prve linije oko 60%, a trajanjem bolesti, učinkovitost opada na 30-37%, te u kasnoj relapsnoj fazi bolesti na 20%. Zbog toga je važno što ranije dijagnosticirati bolest i započeti liječenje. Dio bolesnika ne reagira na liječenje prvom linijom terapije. Usprkos liječenju, u tih se bolesnika javljaju novi relapsi i pogoršanja u neurološkom statusu ili bolesnik ne podnosi liječenje zbog nuspojava kao što su dugotrajne povišene temperature, tresavice i sl. Nedjelotvornost lijeka nerijetko je posljedica stvaranja antitijela, češće na interferon. U takvih je bolesnika neophodno započeti drugu liniju terapije.