Dakle, većina tih organizama nije štetna, no ima i onih patogenih koji mogu izazvati bolest. Tada se imunološki sustav pokreće kako bi se borio protiv velikog broja štetnih uzročnika, a to nije lak zadatak. Virusi i bakterije lukavi su protivnici, koji stalno traže nove putove kako bi slomili obranu imunološkog sustava. Ipak, saznanja o uzročnicima zaraznih bolesti, o tome što se može učiniti kako bi se zaraza spriječila, te kada je potrebno potražiti savjet liječnika, važna su kako bi se imunološkom sustavu pomoglo u borbi protiv zaraze.
Bakterije su jednostanični organizmi vidljivi samo pod mikroskopom. One su toliko male da kada bi ih se tisuću postavilo u liniju, ona bi bila dugačka oko 5 mm. Bakterije mogu biti štapićastog, okruglog ili spiralnog oblika, te obično mogu živjeti samostalno, a množe se diobom stanice. Bakterije su bile među najranijim oblicima života na Zemlji, te su se razvile tako da mogu živjeti u različitim okolinama. Neke mogu preživjeti žestoku vrućinu i strašnu hladnoću, a neke i razinu radijacije koja bi bila smrtonosna za čovjeka. Ipak, mnoge bakterije više vole ugodan okoliš kakvog pruža zdravi organizam. Nisu sve bakterije štetne. Dapače, manje od jedan posto bakterija uzrokuje bolest, a neke bakterije koje žive u ljudskom organizmu vrlo su korisne. Na primjer, Lactobacillus acidophilus - bezopasna bakterija koja živi u crijevima - pomaže u probavljanju hrane, uništava neke organizme koji uzrokuju bolesti, te ljudskom organizmu osigurava hranjive tvari. No kada u organizam uđe patogena bakterija, može doći do pojave bolesti. One se mogu vrlo brzo razmnožavati, a mnoge također izlučuju otrove, odnosno snažne kemijske tvari koje uništavaju određene stanice tkiva koja su napale. Upravo je taj proces ono zbog čega se osjećamo bolesno. Organizam koji izaziva gonoreju (gonokok) primjer je bakterijskog napadača. Ovdje također spadaju neki sojevi bakterije zvane Escherichia coli, koji uzrokuju ozbiljne bolesti probavnog trakta, a najčešće se prenose putem zagađene hrane. Ostala stanja koja su izazvana bakterijama uključuju streptokoknu upalu grla i stafilokokne zaraze.
U svom najjednostavnijem obliku virus je kapsula koja sadrži genetski materijal - DNA ili RNA. Virusi su manji čak i od bakterije, te znanstvenici moraju koristiti snažne elektronske mikroskope kako bi ih vidjeli. Teško je predstaviti si koliko su oni u svari mali, no mogla bi pomoći usporedba koju koristi Američko društvo za mikrobiologiju (American Society for Microbiology): ako bi se virus prosječne veličine povećao na veličinu loptice za bejzbol, prosječno velika bakterija bila bi veličine mjesta za bacača, a samo jedna od milijuna stanica ljudskog organizma bila bi veličine čitavog bejzbolskog igrališta. Osnovna zadaća virusa je razmnožavanje. Međutim, za razliku od bakterija, virusi ne mogu preživjeti samostalno, odnosno njima je za razmnožavanje potreban odgovarajući domaćin. Kada virus napadne ljudski organizam, on uđe u neke stanice i zavlada njima, navodeći stanice domaćina da proizvode tvari koje su im potrebne za razmnožavanje. Stanice domaćini na kraju u tom procesu budu uništene. Polio, AIDS, te obična prehlada, neka su od virusnih oboljenja.
U ovu skupinu spadaju plijesni, kvasci i gljive. Većinom se radi o jednostaničnim organizmima koji su jedva nešto malo veći od bakterija, iako su neki organizmi višestanični i mogu se vidjeti prostim okom, na primjer gljive koje rastu u šumama, pa čak i u vrtovima. Organizmi iz ove skupine žive u zraku, vodi, tlu, te na biljkama, a mogu živjeti i u ljudskom organizmu, no obično ne izazivaju bolest, a neke su čak i korisne. Na primjer, iz jedne vrste plijesni napravljen je penicilin, antibiotik koji uništava štetne bakterije u ljudskom organizmu. Neki od ovih organizama također su neophodni za pripremu određenih vrsta hrane, na primjer kruha, sira i jogurta. No, neki organizmi nisu korisni i dovode do nastanka bolesti. Jedan od njih je kandida, koja može izazvati zarazne bolesti poput sora, zaraze usne šupljine i ždrijela, i to kod dojenčadi, odraslih ljudi koji uzimaju antibiotike, te kod osoba koje imaju oslabljeni imunološki sustav. Također uzrokuje većinu pelenskog osipa.
Protozoe su jednostanični organizmi koji se ponašaju kao male životinje - love i prikupljaju ostale mikroorganizme kojima se hrane. Protozoe mogu živjeti unutar ljudskog organizma kao paraziti. Mnoge nastanjuju crijevni trakt i bezopasne su. No neke dovode do nastanka bolesti, poput protozoe Cryptosporidium parvum koja je 1993. godine prodrla u vodoopskrbni sustav Miluwaukeeja u Sjedinjenim Državama, te je izazvala bolest kod više od 400 000 ljudi. Vrlo često ovi organizmi dio svog životnog ciklusa provedu izvan ljudskog organizma ili drugog domaćina, te žive u hrani, tlu, vodi ili insektima. Većina protozoa je mikroskopske veličine, no ima i nekih iznimaka. Jedna vrsta protozoe (foraminifer) koja živi u oceanu može narasti i do pet centimetara u promjeru. Neke protozoe u ljudski organizam ulaze putem hrane ili vode koju konzumiramo. Druge se prenose spolnim putem, a neke pak koriste prijenosnika, što znači da im za prijenos od jedne do druge osobe potreban neki drugi organizam. Na primjer, malarija je bolest izazvana protozoom koja treba prijenosnika, a taj prijenosnik su komarci. Oni prenose smrtonosni parazit Plasmodium koji izaziva bolest.
Helminti spadaju u veće parazite. Njihovo ime dolazi od grčke riječi helminth, što znači crv. Ako parazit ili njegova jajašca uđu u ljudski organizam, nastane se u crijevnom traktu, plućima, jetri, koži ili mozgu, te tamo žive hraneći se hranjivim tvarima koje pronalaze u organizmu domaćina. Najčešći helminti su trakavice i gliste. Najveće gliste dosežu duljinu od 20 do 40 centimetara, no trakavice mogu narasti i do duljine od 75, pa i više centimetara. Trakavice se sastoje od više stotina dijelova, a svaki dio se može odvojiti i razviti u novu trakavicu.
Svi ovi uzročnici kod čovjeka mogu izazvati zarazu, no postoji jasna razlika između zaraze i bolesti. Zaraza, koja često predstavlja prvi korak u razvoju bolesti, nastaje kada bakterije, virusi, gljive ili paraziti uđu u organizam i počnu se razmnožavati. Bolest nastaje kada, dođe do oštećenja stanica u organizmu, te se pojave znakovi i simptomi bolesti. Kada neki uzročnik zarazne bolesti uđe u ljudski organizam, zdrav imunološki sustav odmah kreće u akciju. Vojska bijelih krvnih stanica, antitijela i drugi mehanizmi pokreću se kako bi uzročnika zaraze izbacili iz tijela. Na primjer, u slučaju obične prehlade dolazi do pojave povišene temperature, kašljanja i kihanja - sve su to načini kojima se imunološki sustav štiti od virusa. Važno je napomenuti da se mogu provesti određene mjere kako bi se spriječio nastanak zaraze.
Pranje ruku. Često se zanemaruje, no pranje ruku jedan je od najlakših i najučinkovitijih načina zaštite od većine zaraza. Ruke je potrebno temeljito prati prije pripreme i konzumiranja hrane, nakon kašljanja ili kihanja, nakon zamjene prljave dječje pelene, te nakon korištenja zahoda. Ako voda i sapun nisu trenutačno dostupni, može pomoći dezinficijens za higijensku dezinfekciju ruku.
Lijekovi. Neki lijekovi mogu smanjiti osjetljivost organizma na uzročnike zaraze. Na primjer, uzimanje lijekova protiv parazita može pružiti zaštitu od zaraze malarijom ako osoba putuje ili živi u krajevima visokog rizika. Nakon izloženosti određenim uzročnicima, na primjer poput onih koji izazivaju bakterijski meningitis, liječnik može propisati lijekove kako bi se smanjio rizik od nastanka bolesti.
Cjepiva. Cijepljenje je najbolji način obrane od nekih bolesti. Što istraživači više saznaju o uzročnicima bolesti, to se popis bolesti koje se mogu spriječiti cijepljenjem povećava. Trenutačno se na njemu nalazi više od deset bolesti. Mnoga se cjepiva daju u dječjoj dobi, no i odrasli se također moraju redovito cijepiti ili docjepljivati kako bi se spriječio nastanak nekih bolesti, poput tetanusa i gripe.
Liječničku je pomoć potrebno potražiti kada se javi sumnja da je nastupila neka zarazna bolest. Iako neke zarazne bolesti ne zahtijevaju posjet liječniku (jedna od njih je, na primjer, obična prehlada), druge bolesti traže stručnost obučenog profesionalca. Liječnik može provesti dijagnostička testiranja koja će pokazati da li je zaraza nastupila, koliko je ozbiljna, te koji je najbolji način liječenja. Dakle, liječnika treba potražiti prilikom sumnje da je nastupila zaraza, te ako se dogodi bilo što od sljedećeg: