Ukoliko postoji dokazana Helicobacter pylori infekcija kreće se s terapijom eradikacije prema smjernicama Hrvatskog gastroenterološkog društva. Za sada je preporuka da se liječenje provodi s dvije vrste antibiotika i antisekretornim lijekom (lijekovi koji blokiraju lučenje solne kiseline - inhibitori protonske pumpe) u trajanju od deset do četrnaest dana. Ovakav tretman bi trebao osigurati izlječenje u preko 90% bolesnika. Ovdje se mora naglasiti da uspjeh liječenja najviše ovisi o suradnji bolesnika, koji treba uzimati propisanu terapiju u pravilnom ritmu i dovoljno dugo, sukladno liječničkoj preporuci. Po završenoj terapiji eradikacije Helicobacter pylori potrebno je nastaviti antisekretornu terapiju još četiri do šest tjedana. Tri mjeseca po završetku terapije provodi se neinvazivna kontrola eradikacije H. pylori (Hp antigen u stolici ili urea izdisajni test).
Postoje brojne mjere koje možemo sami poduzeti u cilju bržeg cijeljenja ulkusa, te njegovoj prevenciji. To su prestanak pušenja i konzumiranja alkohola za vrijeme aktivne faze bolesti, napori u cilju reduciranja stresa, te trajne konzultacije s liječnikom ako je medicinski opravdana upotreba nesteroidnih antireumatika.
Bolesnici kod kojih je došlo do povlačenja simptoma nakon terapije, ne zahtijevaju dodatno endoskopsko kontroliranje osim pacijenata s razvijenim komplikacijama ili ulkusom želuca. Obavezno mjesec dana nakon inicijalne endoskopske verifikacije ulkusa želuca radi se nova gastroskopija u cilju provjere uspješnog zacjeljenja ulkusa i isključenja karcinoma.
Produženi nastavak antiulkusne terapije individualno se procjenjuje od strane gastroenterologa. To su bolesnici kod kojih postoji visoki rizik za ponovni razvoj ulkusa (već doživljene komplikacije ulkusne bolesti) ili oni kod kojih dolazi do učestalih periodičnih ponavljanja bolesti.